中平六年春二月，凉州叛军围攻陈仓县城达八十余日不克，疲敝而退。皇甫嵩下令追击，董卓劝阻，认为“穷寇勿追，归众勿迫”，皇甫嵩则认为：“叛军是丧失斗志的疲师，而不是归众、穷寇”。
随后，皇甫嵩让董卓负责殿后，自己率军追击，连战连胜，斩首万余级，叛军首领王国逃走后不久病死。董卓因此非常忌恨皇甫嵩。
灵帝得了重病，下诏拜董卓为并州牧，其下属军队转交给皇甫嵩。董卓接受任命，但是不肯交出军队，上书辩解道：“我掌兵十年，士兵上下和我关系太好了，都要为我卖命，我乞求带这帮士兵去并州，效力边垂”。
皇甫郦劝说从父皇甫嵩趁机除掉董卓，皇甫嵩不从，只是将董卓不肯交出兵权的事上奏朝廷。于是，灵帝下诏责备董卓，董卓对皇甫嵩又更加怨恨。
最终，董卓带了五千人向并州出发，但是停留在河东郡就不走了，董卓是想观察雒阳局势。
四月，灵帝驾崩。大将军何进掌权，与司隶校尉袁绍合谋诛杀宦官。而何太后不肯下诏，于是何进、袁绍私招董卓领兵进京，以此逼迫何太后。董卓得知，立即动身。同时，董卓上书弹劾中常侍张让等人。
但是不久后何进又反悔，派谏议大夫种劭劝阻董卓进京。种劭在黾池见到董卓，要求董卓返回河东郡去讨伐流亡匈奴单于于夫罗，董卓不从，继续上书辩解，并进入河南尹。
迫于董卓进军的压力，何太后终于同意下诏罢免宦官。
董卓率军抵达雒阳城外时，种劭出城劳军时再次要求董卓撤军，董卓指使士兵上前威胁种劭，种劭大怒，斥责董卓，董卓自知理亏，便率军西撤至洛阳城二十里外的夕阳亭。
中平六年八月二十五日，大将军何进与司隶校尉袁绍谋诛诸阉官，太后不从。于是，朝廷征召董卓使将兵到京师，并密令董卓上书曰：“中常侍张让等窃幸乘宠，浊乱海内。昔赵鞅兴晋阳之甲，以逐君侧之恶。臣辄鸣钟鼓如洛阳，即讨让等。“准备胁迫太后。董卓未至，何进已经被宦官谋杀。
愤怒的将士们攻杀宦官。何进部将吴匡等人联合了董旻，董卓之弟，时任奉车都尉，攻杀了车骑将军何苗。中常侍段珪等劫持皇帝逃走。
董卓望见雒阳上空浓烟滚滚，才得知朝廷发生重大变故，于是急忙下令进军，二十八日天未亮，董卓才抵达显阳苑，打听到中常侍张让等人劫持皇帝刘辩上了北芒山，于是又向北芒山赶去。
在北芒山下，惊魂未定的刘辩见到飞驰而来的董卓军，吓得大哭。董卓终于在北芒迎救了皇帝，然后还宫。
在长安，董卓见到了浩浩荡荡的迎驾队伍。董卓指着崔烈骂道：“我日夜兼程跑了三百里路，你现在说什么回避？信不信我砍下你的脑袋！”接着，董卓又反诘大臣们道：“诸位公卿身为国家大臣，不能匡正王室，致使国家动荡，天子流落在外，你们哪有让我退兵的理由！”。
随后，董卓进入迎驾队伍，先拜见刘辩，又伸手去从闵贡怀中抱陈留王刘协，刘协不肯，董卓只得与闵贡并马而行，一同入城。董卓又向刘辩询问事变经过，刘辩语无伦次，而刘协却能表述清楚，董卓知道刘协是董太后抚养长大，号“董侯”，董卓又自认为与董太后同族，于是心生欢喜，希望刘协能当上皇帝。
当时大将军何进的队伍、车骑将军何苗的部曲都无所归属，皆听命于董卓。
董卓又引诱吕布杀害执金吾丁原，吞并了吕布等并州人的军队，如此董卓掌握了雒阳的所有军权。
原大将军府幕僚鲍信不肯归附董卓，向袁绍提出将董卓引诱杀害的计划，袁绍不敢，鲍信则弃官逃亡。